Tuttavia Simonetta morì di tisi all’età di soli 23 anni nel 1475: ciò vuol dire che La nascita di Venere venne dipinta da Botticelli nove anni dopo la scomparsa della sua modella. Tale atto fu per la corte de’ Medici il modo di ricordare la donna più bella di Firenze e renderla l’emblema della bellezza rinascimentale per eccellenza. Il dipinto venne infatti protetto da Lorenzo il Magnifico, che lo sottrasse alle repressioni della Chiesa verso i dipinti pagani.
Alcuni studiosi ritengono che lo stesso Sandro fosse innamorato di Simonetta. Per volere dell’artista ora i due giacciono insieme nella chiesa d’Ognissanti a Firenze.